Nachdem die Setup-Datei von Cordova Control Panel ausgeführt wurde, öffnet sich beim ersten Start der Application ein Fenster, in dem zusätzliche Tools installiert werden können. Node.js und Cordova sind obligatorische Komponenten. Git wird benötigt, um zusätliche Plugins aus Repositories zu installieren, z. B. um Zugriff auf Kamera oder Dateisystem der Zielplattform zu erhalten. Java-SDK und Android-SDK werden benötigt, um Android-Apps zu erstellen. Nachdem diese Dateien installiert wurden, muss deren Pfad in den Preferences gesetzt werden. Dazu muss Cordova Control Panel mit Admin-Rechten neu gestartet werden. Sollen Windows-Apps erstellt werden, muss Visual Studio Community installiert werden. Alle Installationsdateien sind Bestandteil von Cordova Control Panel, können aber auch direkt vom Entwickler bezogen werden, z. B. wenn dort aktuellere Versionen verfügbar sind.

Um Systemeinstellungen vorzunehmen, muss das Fenster 'Preferences' geöffnet werden. Ist 'Use Last Project Path' aktiviert, wird beim Öffnen von Cordova Control Panel der Pfad zum letzten genutzten Projekt gesetzt. Unter 'Miscellaneous' können optional die Pfade zu einem HTML-Editor und einem Bildbearbeitungsprogramm gesetzt werden, um Projektdateien bearbeiten zu können. Sollen Android-Apps erstellt werden, müssen die Pfade zum Java-SDK und Android-SDK gesetzt sein. Befindet sich das System hinter einem Proxy werden die entsprechenden Einstellungen unter 'Proxy Settings' vorgenommen. HTTP- und HTTPS-Proxy können unterschiedliche Adressen und Ports haben. Nutzerangaben sind optional. Unter Umständen ist es notwendig den Reiter 'Set Registry' zu aktivieren, damit der Proxy-Zugang funktioniert. Unter 'Run Application' werden die Ausgabegeräte bestimmt. Ist 'Android' ausgewählt, kann auch ein Emulator angegeben werden. Dieser muss zuvor im AVD-Manager erstellt worden sein. Unter 'Build Platform' wird bestimmt, für welche Zielsysteme das Projekt compiliert werden soll. Es kann zwischen 'Android' und 'Windows' gewählt werden. Ein Build für Apple-Plattformen (iOS, macOS) ist nicht möglich. Bei 'Add Platform' wird festgelegt, für welche Zielsysteme Projektdateien erzeugt werden sollen. Zurzeit ist dies mit Cordova Control Panel für 'Android', 'Windows', 'iOS' und 'macOS' möglich. Das Compilieren der 'iOS'- und 'macOS'-Dateien ist nur auf einem Apple-System möglich.

Unter 'Project Settings' können bei 'config.xml' die Meta-Informationen der zu erstellenden App geändert werden. Dazu gehören u. a. der App-Name, die App-ID, die Versionsnummer, der Name des Autors, die eMail-Adresse, die Hompage des Projekts und eine Projektbeschreibung. Alternativ können diese und weitere Angaben auch direkt in der 'config.xml'-Datei des Projekts vorgenommen werden. Unter 'Plugins' können Erweiterungen zu einem Projekt hinzugefügt werden. Diese erweitern die Funktionalität von Cordova, indem u. a. auf Hardwareschnittstellen zugegriffen werden kann. In Cordova Control Panel sind bereits Plugins für einen Barcodescanner, einen Dateizugriff und einen Splashscreen eingebunden. Weitere Plugins können durch Angabe einer Repository-URL eingebunden werden. Ausführliche Informationen sind auf der Cordova-Homepage zu finden. Ist eine entsprechende Plattform des Projekts erstellt worden, können unter 'Images' die Bilder des Splashscreens und des App-Symbols ausgetauscht oder bearbeitet werden. Zur Bearbeitung der Bilder muss unter Preferences ein Pfad zu einem Bildbearbeitungstool angegeben sein. Diese Funktion steht für 'Android', 'Windows', 'iOS' und 'macOS' zur Verfügung.